不合法，实际上班按全勤处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度超出了企业自治的范围，所以不合法。
《劳动合同法》第一条，为了完善劳动合同制度，明确劳动合同双方当事人的权利和义务，保护劳动者的合法权益，构建和发展和谐稳定的劳动关系，制定本法。
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