公司合并协议本质上是一个合同，应当按照《民法典》相关规定认定效力。合并协议生效应当具备下列条件：
1.订立协议时，当事人双方都具有相应的民事行为能力；
2.双方在订立协议时意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形；
3.协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
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