商标权不能对抗在先著作权。商标权和著作权都受法律保护。如果通过侵犯他人合法的在先权利包括著作权取得商标注册，商标主管机关应撤销该注册商标。而且法律规定，申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，所以商标权不能对抗在先著作权。
《商标法》第三十二条，申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
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