一般判处五年以下有期徒刑或者拘役。上级部门强令登记机关及其工作人员滥用职权罪对不符合法律规定条件的债券发行、上市申请，予以批准或者登记的，对其直接负责的主管人员处以本罪个人犯相应的刑罚。
对于此罪的认定如下：
1、行为人收受贿赂后实施本罪行为的，属牵连犯罪，按其处罚原则应择一重罪处罚，不必实行数罪并罚。
2、本罪是徇私舞弊、滥用职权的特别规定，构成犯罪，一般情况下应依特别法条即本罪定罪。
3、徇私舞弊，滥用职权行为与造成的重大损失结果之间，必须具有刑法上的因果关系。这是确定刑事责任的客观基础。徇私舞弊，滥用职权行为与造成的严重危害结果之间的因果关系错综复杂，有直接原因，也有间接原因；有主要原因，也有次要原因；有领导者的责任，也有直接责任人员的过失行为。构成本罪，应当追究刑事责任的，则是指玩忽职守行为与造成的严重危害结果之间有必然因果联系的行为，一般不构成本罪，而是属于一般工作上的错误问题，应由行政主管部门处理。
《刑法》第四百零三条，国家有关主管部门的国家机关工作人员，徇私舞弊，滥用职权，对不符合法律规定条件的公司设立、登记申请或者股票、债券发行、上市申请，予以批准或者登记，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役。
上级部门强令登记机关及其工作人员实施前款行为的，对其直接负责的主管人员，依照前款的规定处罚。
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