有效。
超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议产生的是新的债权债务关系。
还款协议作为新的债权债务关系，当事人在原债权债务关系中的约定对新的债权债务关系不再适用。
根据《民法典》第188条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
（《民法典》生效时间是2021年1月1日）
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