从工资扣工会费不合法，这属于克扣员工工资。单位只能从员工工资里扣除以下费用：
一、用人单位代扣代缴的个人所得税；
二、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
三、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
四、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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