员工自离不结算工资，不合法。
员工自离属于违法解除劳动关系，如果对单位造成损害的，单位可以主张赔偿，可以在其工资中扣除，但不能不结算工资。
《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
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