劳动合同不可以扣除休息日工资。在法定的休息时间内，计算劳动报酬，用人单位不得扣除休息日的工资。劳动者可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令限期补齐扣除的工资。用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。
《中华人民共和国劳动法》第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。
《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
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