摩托车合格证丢了可以补办。摩托车合格证丢失的，应该与生产厂家联系，请求补办合格证。摩托车合格证丢失的需要及时补办，因为机动车上路行驶的基本条件之一就是需要车辆的合格证，如果车辆的合格证丢失，那么上路就是属于违规行为。
《道路交通安全法》第十一条，驾驶机动车上道路行驶，应当悬挂机动车号牌，放置检验合格标志、保险标志，并随车携带机动车行驶证。
机动车号牌应当按照规定悬挂并保持清晰、完整，不得故意遮挡、污损。
任何单位和个人不得收缴、扣留机动车号牌。
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