未工商备案的股权转让协议有效。只要股权转让合同是当事人的真实意思表示，符合法律规定的转让条件，应当认定股权转让合同的效力。工商登记并不是股权转让协议生效的要件。
《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
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