上班迟到单位扣工资不违法。劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
劳动者如存在肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，企业和雇主维护自身合法权益制定，合乎情理的考勤扣款是被允许的，而一些用人单位超出员工正常日薪的罚款肯定是不合法的。
《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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