1、接收员工提交的扣除信息；
2、发放工资办理全员员额申报；
3、将可扣除金额填至扣缴报告表；
4、办理扣除计算税款。
单位在提交专项附加扣除信息时需要严格按月计算预缴税款，向税务机关办理全员全额纳税申报。若员工未及时报送相关信息，可在以后月份补报，单位在剩余月份发放工资时补扣，不影响纳税人享受专项附加扣除。
法律依据：
《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》第二十五条
纳税人首次享受专项附加扣除，应当将专项附加扣除相关信息提交扣缴义务人或者税务机关，扣缴义务人应当及时将相关信息报送税务机关，纳税人对所提交信息的真实性、准确性、完整性负责。专项附加扣除信息发生变化的，纳税人应当及时向扣缴义务人或者税务机关提供相关信息。 前款所称专项附加扣除相关信息，包括纳税人本人、配偶、子女、被赡养人等个人身份信息，以及国务院税务主管部门规定的其他与专项附加扣除相关的信息。 本办法规定纳税人需要留存备查的相关资料应当留存五年。
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