旷工三天扣9天工资是不合法的。
旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。员工旷工的，用人单位可以不支付其没有提供劳动期间工资，但不能作额外的惩罚性罚款。
员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，用人单位可以不支付当天工资。但规定旷工三天扣9天工资是不合法的，这就涉嫌克扣工资了。
《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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