办理计算机软件登记的程序是：
1.办理软件登记申请应当以书面的方式提交必要的申请文件，并按规定缴纳费用；
2.申请文件都应当按规定签章，签章应当与申请表中填写的姓名或者名称完全一致；
3.申请人可以自己办理登记，也可以委托代理机构办理登记。
【法律依据】
根据《计算机软件著作权登记办法》第四条，软件著作权登记申请人应当是该软件的著作权人以及通过继承、受让或者承受软件著作权的自然人、法人或者其他组织。
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