软件登记申请的方式是可以直接递交或者挂号邮寄；撤回的方式是申请人在登记申请批准之前，可以随时请求撤回申请。
根据《计算机软件登记办法》第十八条，申请文件可以直接递交或者挂号邮寄。申请人提交有关申请文件时，应当注明申请人、软件的名称，有受理号或登记号的，应当注明受理号或登记号。
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