合同不到期辞职工资被扣当然不合法。劳动者有辞职的自由，单位不得因为劳动者提前辞职而扣其工资。当然如果劳动者单方面辞职没有提前通知单位，给单位造成损失的，可以要求劳动者赔偿相应损失，但是也不能克扣劳动者的工作。
《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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