公司破产后注册资本会列入破产财产中一并进行清算，并用来偿还公司的债务。因为公司的注册资本是用于公司经营的财产，也是属于公司的财产，既然属于公司的财产，在破产的时候当然就可以作为破产财产一起进行清算。
《公司法》第二十六条，有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。法律、行政法规以及国务院决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。
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