子公司不能合并分公司。因为合并公司的前提是两个公司都是独立的公司主体，而分公司，它并不具有独立的法人资格，它只是总公司的一个分支机构，并不是一个独立的公司主体，所以其不能被合并。
《公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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