房产公司无权扣押业主房产证。
购房人以银行贷款交清房款后，就只和银行存在借贷关系。购房人已按合同履行完相应的义务，这时房产公司无权扣押业主房产证，所以依法办理的房产证和土地证应该交由业主持有。
《民法典》第二百零八条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。动产物权的设立和转让，应当依照法律规定交付。
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