驾驶别人摩托车违章的,处理违章时可以用自己的驾驶证,而且本来就该用自己的驾驶证,因为违章本来就应当由违章的实际驾驶人处理,而不是都由车主来处理。
《道路交通安全法》第九十条,机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的,处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的,依照规定处罚。