公司破产后注册资本会列入破产财产中一并进行清算用来偿还公司的债务。因为公司的注册资本本身就是公司用来经营所必要的财产，本来就是公司的财产，所以在公司进行破产清算时应当一并进行清算。
《公司法》第一百八十六条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
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