借条经双方协商一致后修改的，修改后的借条有效。借条被一方擅自修改，如果修改部分对借条构成实质性的影响的，修改的部分无效。当事人协商一致可以变更合同。民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。
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