加班工资举证责任由用人单位承担，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》以及《劳动争议调解仲裁法》，无论是仲裁还是诉讼，加班工资是由用人单位掌握管理的的证据，由用人单位负举证责任。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第十三条因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第三十九条当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
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