健康证与入职体检主要区别在于作用。健康证作用在于避免聘用有传染病的人；入职体检除了避免传染病外，聘用一个完全健康的人，避免入职后出现原来就有的疾病而影响工作。
《中华人民共和国食品安全法》第四十五条食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。
从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
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