总公司可以注销分公司的营业执照。分公司没有独立法人资格的，是总公司的分支机构，总公司有权决定分公司的存续。总公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
《公司登记管理条例》第四十九条，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
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