公司申请破产的也需要交罚款，由法院组织清算组去交。法律规定，政府部门的罚款是属于破产企业的债务之一，是属于普通的债务，在破产财产足够的情况下要清偿。
《公司法》第一百八十五条，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。
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