购房签订的协议与主合同不冲突，补充协议可以作为主合同的补充，应当有效；当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。
根据《合同法》第七十七条规定：双方协商一致，可以对合同进行变更。
补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。
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