综合年度所得自行申报扣除是先按照《个人所得税法》规定的税率，计算应纳税所得额，在取得所得的次年3月1日至6月30日内填报《个人所得税年度自行纳税申报表》及其他相关资料，办理汇算清缴或者随汇算清缴一并办理纳税申报。
《中华人民共和国个人所得税法》第三条个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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