医疗事故中确定赔偿数额的办法是，需根据医疗事故等级、医疗过失行为所占的责任程度、患者原有疾病等因素来确定。具体的赔偿金额可由医患双方协商确定，也可通过调解或诉讼等方式来确定。
《医疗事故处理条例》第四十九条，医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
（一）医疗事故等级；
（二）医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
（三）医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
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