在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。
《民事诉讼法》第二十三条 ，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
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