一、个人所得税。
通常情况下，自然人投资者转让其持有的股权时，应就股权转让所得缴纳个人所得税。但要确定应纳税所得额，首先要确定股权转让收入和股权原值及合理费用之和。
（一）股权转让收入的确定。
股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。
（二）股权原值及合理费用的确定。
对于认缴制下未实缴的股权原值如何确认，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》中并没有明确的规定，只是在第十五条第五款中规定了“除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值”的原则性规定。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。
二、企业所得税。
对于法人股东，企业所得税的计算和缴纳采用的是“分月或季度预缴，年度汇算清缴”的方式，股权转让所得是投资收益的一部分，至于企业最终要不要实际缴纳企业所得税，要从企业在该年度的整体的盈亏情况去看，并且还要考虑以前年度可以抵扣的亏损，因此对于企业而言，即使该笔股权转让有所得，但是也不一定意味着企业需要缴纳企业所得税。
三、印花税。
关于转让未缴足资本的股权的印花税问题，应以股权转让协议约定的股权转让价格作为印花税的计税依据。
《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第十四条，对于需要核定股权转让收入的，主管税务机关应依次按照净资产核定法、类比法以及其他合理方法核定股权转让收入。
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