在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
根据《民事诉讼法》第26条规定：因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
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