农业承包合同纠纷能否申请仲裁，要看具体情况才能确定。
如果农业承包合同中有约定出现纠纷时，可以向仲裁机构申请仲裁，那么就可以进行仲裁。但是如果合同中没有约定则不可以申请仲裁。除非，发生纠纷后双方达成仲裁协议。
《仲裁法》第二条，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
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