合伙协议和公司章程的区别有：
(一)在法律上，合伙协议是指股东之间就要发起设立的一个组织，包括股权架构和相关的权利架构、出资等，是很初始的权利义务的约定。从法律上，公司章程是公司的宪法，公司、股东、高管等的所有行为规范都必须遵守这个最高的规则。公司法的公司章程是有法律强制性规定的，不一定要签署股东协议，但是必须要有公司章程。
(二)合伙协议并不是一个必备的法律文件，要约定也可以，不要约定也不影响。不过我们建议公司还是要签股东协议，因为股东协议的内容和公司章程还是不一样的。
(三)关于约束力，合伙协议属于协议，就是协商，可以讨价还价，合同具有相对性原则。合伙协议的约束力相对比较窄，有参与才有约束，所以这是股东之间的一种任意性的合同，但不能约束协议外当事人。公司章程的约束力比较广，是法律必备的文件，公司章程可以约束公司的行为。合伙协议仅仅是合伙人之间的一种约束，但如果协议写得好，对合伙人之间而言，其重要性比公司章程还要重要。
《合伙企业法》第四条，合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。
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