擅自离职的工资计算：按照正常结算工资，但是单位不再支付补偿金以及赔偿金。若员工特殊理由擅自离职的，用人单位可以在结清工资后，可向员工要求赔偿造成的损失。
《工资支付暂行规定》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
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