必须要分开办。通行证相当于护照，入台证相当于签证，所以是不同的。通行证必须户口所在地的公安局办，入台证必须要找旅行社办，淘宝或者定自由行产品的时候可以一起办了。
注意，没有通行证原则上是不能订机票的，所以要去的话，可以尽早办好，等特价机票，一般时间办理时间是15工作。
【依据】
《中国公民往来台湾地区管理办法》第二十二条，大陆居民往来台湾的旅行证件系指大陆居民往来台湾通行证和其他有效旅行证件。
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