如果入台证于入境前遗失，可由台湾地区旅行社至移民署线上系统申请补发，自行打印证件。
如果入台证于入境后遗失，由台湾地区旅行社至移民署线上系统申请补发。或由台湾地区旅行社或当事人至移民署各县(市)服务站申请补发，由移民署核发证件。
如果在机场、港口出境时才发现入台证遗失，当事人可至移民署各机场、港口之国境事务队申请补发，由移民署核发证件。
《中国公民往来台湾地区管理办法》第二十六条，大陆居民遗失旅行证件，应当向原发证的公安机关报失；经调查属实的，可补发给相应的旅行证件。
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