农村土地使用权变更登记程序如下：
1.由用地者填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容。
2.权属审核。核实法人身份证明与申请书上的法人、委托代理人身份证明与委托书上的姓名是否一致。
3.进行地籍测量。
4.注册登记。
5.填发土地证书。属于权属变更的要更换土地证书。
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