没有次数限制，农村合作医疗保险每年可以多次报销。但有封顶线。 住院报销总额每人每年累计最高可报销 40000 元。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条，国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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