刑事案件和行政案件的主要区别在于：
1.刑事案件是指刑法所保护的社会关系受到了侵害。而行政案件是指国家行政机关的行政行为违法或不当。
2.刑事案件要追究犯罪嫌疑人的刑事责任，进而立案侦查、审判，并给予罚金、有期徒刑、无期徒刑、死刑等刑事处罚。而行政案件则是依照《行政诉讼法》规定的程序起诉，由法院来立案处理行政上的争议，确认、撤销或变更行政行为。
3.刑事案件中，当事人是公诉机关或自诉人、被告人、被害人。在行政案件中，原告是公民或组织，被告是行政机关。并且行政机关是不可以起诉公民或组织的。
《行政诉讼法》第二条，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。
前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。
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