三方协议与劳动合同的区别在于：
1、两者所适用的依据不同，三方就业协议书适用的依据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定；劳动合同受《劳动法》和《劳动合同法》的限定和保护；
2、两者的主体不同；就业协议的主体涉及学校、用人单位、学生；而劳动合同是由劳动者和用人单位两方构成。
《中华人民共和国劳动法》第十六条劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
建立劳动关系应当订立劳动合同。
《中华人民共和国劳动法》第十七条订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。
劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
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