特殊工时制中的加班争议有加班费上的争议，同时还会存在某岗位已被劳动行政部门批准执行特殊工时制度，但双方劳动合同中约定执行标准工时制度的情形，当出现上述情形时，特殊工时制度下劳动者是不享有加班费的。
《国务院关于职工工作时间的规定》第五条因工作性质和工作职责的限制，需要实行不定时工作制的，职工平均每周工作时间不得超过44小时。
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