三方协议单位没盖章是不生效的，要由学生、单位、学校三方都签字或盖章后生效，对签约的三方都有约束力。如果单位没盖章的，属于没有签订三方协议，此时三方协议不产生效力。
《劳动合同法》第十六条
劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
《劳动合同法》第八十六条
劳动合同依照本法第二十六条规定被确认无效，给对方造成损害的，有过错的一方应当承担赔偿责任。
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