有补偿。农村光伏发电系统拆迁应当依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》进行补偿。
补偿金包括：被征收房屋价值的补偿、因征收房屋造成的停产停业损失等三方面的补偿。
所以，如果要拆迁，光伏用户可以得到两部分补偿：一个是光伏系统本身价值的补偿，另一个则是光伏未来几年发电总收入的补偿。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条规定，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应对被征收人给予补偿。
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