棚户区改造土地使用证有补偿，具体的补偿因地区不同是不尽相同的，净地出让后获得的出让收益，扣除按规定缴省的费用后，专项用于支付银行贷款本息和毛地收购资的周转以及危房棚户区安置房建设。
根据《中央补助城市棚户区改造专项资金管理办法》第四条，各地区应当按照“专项管理、分账核算、专款专用、跟踪问效”的原则，加强城市棚改补助资金管理，确保资金安全、规范、有效使用。
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