公司把打卡记录删除并不违法。
公司是否保留打卡考勤记录不受法律的约束，打卡考勤记录可以作为劳动争议劳动仲裁的证据之一，为了避免以后仲裁提供证据需要，一般需要保留的。如果起诉公司，打卡记录需要由公司来提供证据，如果不能提供，由公司承担不利后果。
《劳动合同法》第二十九条，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
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