农村土地使用证补办流程是：
1.向所在乡镇的土地管理所递交补办土地使用证的申请;
2.当地相关部门会派人前去核实自发证起房子是否保持现状及有没有扩建等情况;
3.相关部门核实确认后，需要登报说明遗失情况;
4.按当地土地管理所要求携带资料前去补办。
《土地管理法实施条例》第四条规定，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
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