两者区别主要有以下几点：
1、适用法律不同，个人独资企业依照《个人独资企业法》设立，个体工商户按照《个体工商户条例》等规定设立；
2、个人独资企业只能由个人出资设立，而个体工商户既可以由一个自然人设立，也可以由家庭出资设立；等。
《中华人民共和国个人独资企业法》第二条本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
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