集体土地使用证丢了的处理方式是可以进行补办，土地权利人应当向原土地登记机关报失，在土地登记机关规定的媒体上声明其土地证书灭失，提交补办土地证书的申请书等材料，填写土地登记申请书，经审核后进行公告，予以补发。
根据《土地管理法实施条例》规定，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
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