专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。
1、由单位按月发工资预扣税款时办理。 除大病医疗以外， 对其他五项扣除，可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。
2、自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。
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